STEPP：プロテオタイプペプチドを評価するためのSVM技術

プロテオタイプペプチドを評価するための応用
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STEPP：プロテオタイプペプチドを評価するためのSVM技術 ランキングとまとめ

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  • Rating:
  • 出版社名:
  • Pacific Northwest National Laboratory
  • オペレーティングシステム:
  • Windows All
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STEPP：プロテオタイプペプチドを評価するためのSVM技術 タグ


STEPP：プロテオタイプペプチドを評価するためのSVM技術 説明

Steppは、「プロテオタイプ」のペプチドがLC-MSである方法を表すスコアを計算するように設計された高度なユーティリティです。 このプログラムは、タンパク質ファイルを読み取り、in循環消化を実施し、そして各トリプシンまたは部分的にトリプシンペプチドについて観察可能なスコアを計算することができる。 より大きな（正の）スコアを意味することは、ペプチドがよりプロテオタイプであると予測されると思いますが、低い（負）スコアはペプチドがプロテオタイプであるとは予測されないことを意味します。 STEPPで使用されるSVMモデルは、プロテオタイプペプチドの定量的予測のための、アミノ酸含有量、電荷、親水性、および極性の35の特性に基づく単純な記述子空間である。 このモデルは、3つの独立して派生したAMTデータベース（Shewanella OneIdensis、Salmonella Typhimurium、Yersinia Pestis）で訓練を受け、検証されました。 SVMは、標準偏差が0.025未満で0.8の平均精度尺度をもたらした。


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