bam 分子生物学と進化におけるベイズ分析
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bam 説明

Bambeという名前は、分子生物学と進化におけるベイジアン分析を表す。 Bambeは、系統のベイジアン分析のためのフリーソフトウェアパッケージであるように開発されました。このパッケージには、整列したDNAまたはRNA配列データを分析するためのプログラムが含まれており、ギャップまたは不確定なサイトを持つデータセットを可能にします。 主要プログラムは、系統発生木の継手後部分布および尤度モデルパラメータからサンプリングするためにさまざまなメトロポリスヘイスティングスアルゴリズムを使用します。サンプリングされたツリーとパラメータ値の分析における配信ヘルプの他のプログラム。 注： 誰もがこのソフトウェアパッケージをコピーして使用する権限と個人学術的使用のための付随する文書を付与されています 主な特徴： 尤度モデルの選択。 HKY85（長谷川岸野由野、1985） F84（FelsensteinのPhylipに実装されている） TN93（TAMURA-NEI、1993） 新しい系統発生木を提案するためのメトロポリス - ヘイスティングスズサンプラーの選択（地元の新しいスケールベータ分布バージョンを含む）。 メトロポリス - ヘイスティングスのサンプラー新しいモデルパラメータを提案する。 バーンインと推論のための別々のサンプラーの選択。 サイトカテゴリごとに別々のパラメータ値を持つサイトカテゴリの柔軟な指定 ランダムツリー、UPGMAツリー、ネイバー結合ツリー、またはユーザー定義ツリーで検索を初期化する選択。 木の読み書きのための2つのフォーマット（BambeとNewick） HTMLヘルプファイル ツリーとモデルパラメータのグラフィカルリアルタイムモニタリング

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