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cmview. ランキングとまとめ
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cmview. 説明
CMViewは、便利で使いやすい、Javaベースの対話型コンタクトマップの可視化と分析アプリケーションです。 CMVIEWは、タンパク質構造中のアミノ酸残基間の接触ネットワークを視覚化し分析するためのソフトウェアツールである。 正式には、このネットワークは各残差がノードに対応するグラフであり、2つの残留物が接触している場合に限り、2つのノードはエッジによって接続されている。それらが三次元構造において空間的に近い場合、2つの残基は接触していると考えられている。 CMViewでは、連絡先の定義は2つのPAREMETERS：接点タイプと距離カットオフによって指定されます。接触タイプは残渣の原子のサブセットを画定する。次に、このサブセットからの2つの原子が、iおよびjからの2つの原子が距離カットオフよりもずっと離れていない場合、2つの残基iおよびjは接触している。 連絡先ネットワークのマトリックスとしての描写（正式には、コンタクトグラフの隣接行列）は、コンタクトマップと呼ばれる。 主な特徴： コンバートコンタクトマップと3D構造ビュー（Pymolを使用） さまざまなIMとエクスポートのオプション：PDBファイル、オンラインPDB、イメージエクスポート、CASP予測フォーマットなど ユーザー定義の連絡先定義を持つコンタクトマップの計算 フィーチャリッチ3D分子可視化のためのPymolとの統合 構造とコンタクトマップ比較または構造的整列を用いた比較 距離マップ、差分マップ、接触密度分析
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