fpg. 一定サイズの人口をシミュレートします
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fpg. 説明

FPGという名前は、将来の人口遺伝的シミュレーションを表します。 FPGは、変異、組換え、自然選択、および移動を含む、さまざまな進化的プロセスを受けている一定サイズの集団をシミュレートします。 この文脈での「前方」の意味は、シミュレーション内で、実際の世界でのように前進します。これは、シミュレーション内で表されるように、コアリセントの人口遺伝的シミュレーションとは対照的に、シミュレーション内に表されるように、過去に戻ります。合体シミュレーションには多くの利点がありますが、複数のサイトに自然な選択を組み込んでいる場合、それらは扱いにくいです。 FPGは、遺伝的変異のパターンに対する自然選択の影響を評価するのに役立ちます。それは、かなり大きな人口サイズと長いDNAにわたって高い突然変異率を持つ実世界の状況に近似できるように設計されています。突然変異モデルは無限部位モデルであり、人口に分離している部位は他の突然変異を受けることができることを意味する。 シミュレーションは、加法的、乗法および上手なフィットネスモデルを含む、いくつかの異なるフィットネスモデルの下で中性、有益な、有害な突然変異を収容します。このプログラムは、多型レベル、ヘテロ接合性（観察され、予測された）、固定速度、および連鎖不均衡を含む多種多様な分析を生成します。呼び出された移行が発生すると、人口構造に関するいくつかの分析が行われます。 基本的なライフサイクルは、一倍体ゲノム（配偶子）と二倍体ゲノム（Zygotes）との間で交番し、次のように進行します。 - 配偶子はランダムにZygotesにペアリングされています - フィットネスは、それが運搬する突然変異の関数として各Zygoteについて測定されます。優位性が0.5に設定されている場合、モデルはほとんどの点でハプロイド選択モデルに似ています。 - 生殖成功は次世代に寄与された配偶子の数であり、各フィットネスクラスの相対適応度値である期待を持つ多項分布から描画することによって毎回すべてのZYGOTEについて決定されます。 - 配偶子の製造中に再結合と突然変異が起こる - 複数の集団がある場合、配偶子は各集団からランダムに描かれ、他の集団にランダムに配置されます。移住者によって置き換えられているそれらの配偶子は失われるので、移行は遺伝的ドリフトの余分な要素を追加します。これは移行の島モデルです - 新しいZygotesは配偶子のランダムな連合によって形成されます。 世代は重ならない。

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