ng-new. 同義語と非同義の距離を計算するための修正されたNei-Gojoboriメソッド
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順序 DNA配列 d d ヌクレオチド ノンシネのレート 推略的な距離を見つける 同義距離 非同義距離 ラジカル非同音距離 同義の置換 非同義の代替 変更された合理的な方法 同義語

ng-new. 説明

NG-Newアプリケーションは、タンパク質コードDNA配列間の同義および非同義の距離を推定するための小さなコマンドラインツールを開発しました。 この方法は、遷移バイアスを考慮に入れるために、元のNEIおよびGojobori（1986）方法から修正される。 プログラムを使用するには、タンパク質コードDNA配列を含む入力ファイルが必要です（例についてはRNase.SEQを参照）。 このファイルは、シーケンス数とシーケンスごとのヌクレオチド数（シーケンス長）から始まります。 2行目は最初のシーケンスの名前になり、3行目は最初のシーケンスになります。 A、G、C、T、A、G、C、およびTのみが許容される。 ギャップは取り除かれ、シーケンスは事前に整列されるべきです。 シーケンスはタンパク質コード領域のみを含むべきであり、停止コドンが除去された。

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