 | p遺伝子型からハプロタイプを推定するためのプログラム |
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PPHは遺伝子型からハプロタイプを推定するためのプログラムであるために開発されて、木モデルに適合するハプロタイプがあるかどうか（すなわち、完全な系統、コロセント）。 より多くの人口の遺伝的条件では、PPHは、非組換えの下で、無限部位モデルの下でコアリシスで進化した可能性があるハプロタイプ対によってSNP遺伝子型のセットを説明できるかどうかを決定する。したがって、SNP Genotypeデータを決定すると、3つか4つの配偶子がテストされているもの（ツリーが根付いているかどうかに応じて）がハプロタイプデータを決定します。 プログラムPPHでは、入力データのフォーマットを求めた場合は、以下のように17のいずれかを選択してください。入力フォーマットは出力フォーマットを決定します。 このプログラムを使用する手順： 1.プログラムを起動するには、 "pph.exe"と入力します。 2.ファイル名を入力してください： GenotypeまたはHaplotypeの情報を含むファイルのファイル名を入力してください。 3.ファイル形式の数を入力してください。（ファイル "format.txt"のファイルを参照してください）。 このプログラムは7つの異なる形式を読むことができます。ファイルを参照してください フォーマットの詳細については、 "format.txt"。入力値は1から7です。 4.先祖のベクトルを保持するファイル名、すなわちツリーのルートに文字状態を指定する2値ベクトルを入力してください。 特別な事例が2つあります。先祖の状態がすべて0の場合は、デフォルトの場合に「D」を入力するだけです。祖先の状態を知らない場合は、大部分のベクトルに「m」を入力してください）。その場合、プログラムは特定の遺伝子型を進化させる可能性がある未承認のツリーがあるかどうかを決定します。 6.出力ファイルが生成されます。出力ファイルの名前は「出力」です。 出力フォーマットについては、ファイルformat.txtを参照してください。 7.プログラムは出力の一貫性をチェックします。つまり、各出力ハプロタイプのペアが実際に正しい入力遺伝子型ベクトルに対応することを確認します。プログラムはその検証ステップの結果を報告します。
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