pros タンパク質残基注釈ツールキット
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pros 説明

ProSATツールキットは、ユーザー付属の機能（PSI-BLASTプロファイル、またはPSIPREDプロファイルなど）を使用してタンパク質配列のアミノ酸残基を注釈付するためのSVMベースのモデルの構築を可能にするプログラムのセットである。 特に、ツールキットは、残差の周囲のウィンドウを使用する機能を構築し、標準のSVMカーネル関数と共に特殊なカーネル関数（正規化された2次指数カーネル関数NSOE）を搭載しています。 psat_learn は、 "n"の1つの逆安定分類モデルを学習するためのプログラムであり、ここでnは注釈数の可能な数です。浮動小数点値を予測するための支持ベクトル回帰モデルも学ぶことができます。 使用法 prosat_learn PREDICT は、作成されたモデルから各残差の注釈を予測し、L Xn次元プロファイルを出力し、N個のNORE -US-のそれぞれからスコアを出力するプログラムです。各アミノ酸残基およびLのREST SVMモデルはタンパク質配列の長さです。回帰モデルの場合、n = 1。 使用法 prosat_predict. 入力 ProSAT_PREDICTには3つの必要なパラメータがあります。 - テストファイル：テストファイルは、注釈プロファイルを予測する必要があるシーケンス機能のリストを提供します。同じことを予測しているため、実際の注釈ファイルの名前が含まれていない以外はPROSAT_LEARNで使用されている入力ファイルと似ています。 - モデルファイル：モデルファイルはProSAT_LEARNによって出力されたモデルファイルです。 - 予測ファイル：予測ファイルは、アノテーションプロファイルの形式で出力予測のパスとプレフィックスを提供します。 出力 出力は、予測された注釈とプロファイルのセットで構成されています。これは、各 "Num Element" SVMモデルからのSVM予測以外のものです。

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