 | whスペシエーションモデルのフィッティングを実行するコンピュータプログラム |
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SPEACITIONモデルのフィッティングを実行するコンピュータプログラムであるように開発され、そのモデルの適合品質のテストを実施しました。スペシエーションモデルは分離モデルと呼ばれ、遺伝子の流れがないものです。 2つの密接に関連する種のそれぞれからの比較DNA配列データを用いて、この方法は、スペシエーションおよび祖先種のサイズからの時間の推定を可能にする。 アイソレーションモデルは次のとおりです。 - データがサンプリングされた2つの種、または集団は、一人の祖先種、または人口、ある程度の時間、T世代、過去に生じた。 - 共通の祖先種、または人口は一定の有効なサイズのNaでした。 - 2つの子孫種（集団）はそれぞれ一定の有効サイズN1およびN2を有する。 - 時間tにおける人口分離の瞬間を除いて、人口の大きさは一定です。 - 人口分離は、種（集団）の間に遺伝子の流れがゼロです。 - すべての突然変異は中立です。 プログラムファイルは、データファイルと同じフォルダ内またはオペレーティングシステムによって自動的に検索されたフォルダのいずれかに存在する必要があります。プログラムは、コマンドラインパラメータを使用して実行することも、プログラムの名前（ 'WH'）を入力するだけで実行できます。コマンドラインパラメータが使用されていない場合、プログラムはランタイムパラメータの値を要求します。 ユーザーは、データファイルが存在するフォルダに移動してプログラムの名前を入力するだけでプログラムを起動します（たとえば、 'sites'）、その後にEnterキーが続きます。プログラムは、データファイルと希望の分析についていくつかの質問をします。コマンドラインパラメータを使用して、ほとんどすべてのコマンドとオプションを入力することもできます。 プログラムは、コマンドラインで命令を使用してまたはその有無にかかわらず開始できます。 コマンドライン命令なし - プロンプトで「WH」と入力します。プログラムは基本情報を要求します。 PowerPCで、プログラムアイコンをクリックすると、コマンドラインパラメータを入力できる小さなウィンドウが開きます。ユーザーはこの時点で戻り値を打つこともでき、プログラムはランタイムパラメータを要求します。 コマンドラインパラメータ： 入力と入力 wh-d'tafileName '-r'ResultsFilename' -n'numsims '-l'ldtype' -a'ranseed ' どこ： 'datafileName'は、プログラムと同じフォルダ内にあるデータファイルの名前です。 'resultSfilename'は、結果を含むように作成されるファイルの名前です。結果ファイルは '.wh'の拡張子で生成されます。 'numsims'は、実行するシミュレーション数の整数です。基本モデルフィッティングはシミュレーションを必要としません。この値がゼロまたはブランクではない場合、データファイルは再結合レートに関する必要な情報を持たなければなりません。 'ldtype'は、どのタイプのリンケージ不均衡値を計算するかをプログラムに指示します。このオプションでは、シミュレーションを実行する必要があり、データファイルには再結合と観測されたLD値に関する情報が含まれています。 'ldtype'は、データファイルの生成に使用されるリンケージ不均衡の尺度に対応しなければなりません。 'ldtype'は次の値を取ります。 'R'は相関係数を呼び出します 's'はR ^ 2、相関係数の2乗を呼び出します 'd'は基本的な配偶性不均衡測定値dを呼び出します 'P'はd / dmaxに等しいd 'を呼び出します。ここで、dmaxは観測された対立遺伝子周波数を考えるとdの最大可能な値です。 'b'はdの絶対値を呼び出します。 'Ranseed'は乱数シードであり、ユーザーがシミュレーションを正確に繰り返したら望まない限り、一般的には必要ありません。
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