 | サムツールヌクレオチド配列アラインメントを記憶するための柔軟な一般的フォーマット |
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サムツール 説明
ヌクレオチド配列アラインメントを格納するための柔軟な一般的な形式 SAM（配列アラインメント/マップ）のヌクレオチド配列アラインメントを格納するための柔軟な一般的なフォーマットです。 SAMツールは、SAM形式でアライメントを操作する上で効果的なユーティリティを提供しています。ここで、「SAMツール」のいくつかの主要な機能は次のとおりです。 ・様々なアラインメントプログラムによって生成されたすべてのアライメント情報を格納するための柔軟な十分です。 ・簡単にアライメントプログラムによって生成されるか、または既存の整列形式から変換するためのシンプルな十分です。 ・ファイルサイズがコンパクトです。 ・メモリに全体位置合わせをロードせず、ほとんどのストリーム上の作業に位置合わせの操作を許可します。 ・ファイルが効率的にすべての遺伝子座に合わせる読み込み取得するために、ゲノム位置をインデックスすることができます。 このリリースの新機能： ・SAMtoolsは仕様により一貫性のある：a）の「*」に ・QUALフィールドが許可されます。 B）フィールドセパレータは、タブと空間であります ・は、フィールド内の文字として扱われます。 C）空のヘッダが許可されています。 ・パイルアップで実装さGLFv3サポート。 fixmateの深刻なバグを修正しました。・：ストランドの情報が誤っています ・上書き。 ・アライメント検索のバグを修正：あるアライメントnはブリッジ* 16384bp ・正しく時々取得されません。 読み込みマッピングされていないが存在する場合セグメンテーション違反：・rmdupでのバグを修正しました。 ・移動indel_filter.pl samtools.plへとによるフィルタリングを改善 ・インデルを含むアライメントの実際の数を確認します。インデル ・パイルアップラインも、このろ過を容易にするために、少し変わっています。 ・インデックスでのマイナーなバグを修正：マップされていない読み取りのビン数です。 ・誤って算出しました。 ・FLAGフィールド上の統計情報を表示するには、 `flagstat」コマンドを追加しました。 ・現地での最大ウィンドウサイズを設定することにより、インデル、発信者の改善 ・再編。 他のユーティリティの変更： maq2sam中・バグを修正：タグ名は廃止されました。 ・wgsimへの改善：SOLiDの読み込みシミュレーションのための）追加のサポート。 ・b）の読み取り名に置換/インデル/エラーの数を示し; ・C）かなりのコードのクリーンアップ。 ・様々な変換：一般的に改善された機能。 ・fixmateの前のバグが原因の例SAMを更新しました。
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