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Phylonetは便利で使いやすいツールです。特に、ソフトウェアパッケージは、一対の種/遺伝子ツリーから水平遺伝子導入を推定するための特徴を含み、配列アラインメント中の種間再結合ブレークポイントを検出することを含む。 さらに、それは系統発生ネットワークを読み取って貯蔵し、そして系統発生ネットワークトポロジーを比較するための能力を有する。系統発生ネットワークの再構成および評価のためのアルゴリズムとしては、系統の木のドメインからのアルゴリズム技術を利用するため、このパッケージはまた、最大合意サブツリー、Robinson-Foulds距離測定値などを計算するためのモジュールのようないくつかの木指向の特徴も含まれています。 主な特徴： マスト - 最大合意サブツリー RF - ROBINSON-FOUDS /対称差の木の測定 Riatahgt - 一対の種/遺伝子木からのHGTイベントを検出するためのヒューリスティック LCA - ツリー内のノードのセットの最小祖先 RECOMP - インタースペシック再結合ブレークポイントを検出するためのウィンドウベースの方法 charnet - ネットワーク内のクラスタ、木、三重を計算するためのツール CMPNETS - 2つのネットワーク間の距離を計算するためのツール NetPars - 系統発生ネットワークの付属品を採点するためのツール Countcoal - 種の木の枝内の遺伝子のすべての有効な合体シナリオを列挙するためのツール Gencplex - 種の木と遺伝子木のセットのセックスによって解決できるMILP定式化のためのツール GENST - 互換性のあるクラスタの最大セットに基づいて種の木のトポロティを生成するためのツール。 compute_st（このツールはPerlスクリプトです） - コロセントの下の遺伝子木から種の木を再構築するための。 INFERN_ST - 遺伝子ツリーから種の木を推測するため。含まれる方法には、MDC、MDC、時間、ガラス、大多数のコンセンサスおよび民主的投票が含まれます。 deep_coal__count - 一連の遺伝子樹木と種の木のセットによって寄与された余分な系統の数を数えるための SIM_GTINNetwork - Yuらの系統発生ネットワークモデルの下で遺伝子樹をシミュレートするため。 SYST BIOL 2010紙

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