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アミノ酸部位が自由に変える程度は、その構造的および機能的重要性に強く依存する。タンパク質の活性部位内にあるもののような不可欠な役割を果たすアミノ酸は、進化時間の過剰な時間を変えることはほとんどない。 したがって、アミノ酸部位での進化速度は、この部位がどの程度保存されているかを示し、そしてタンパク質の構造または機能を維持する際にこの部位の重要性を評価することを可能にする。 McRateは、確率的ベースの進化モデルを使用して各サイトの相対進化速度を計算するように特別に設計された便利な、使いやすいツールです。これにより、タンパク質ファミリー内の配列進化の根底にある確率的プロセスを考慮に入れることが可能になる。 最も重要なことに、McRateはマルコフチェーンモンテカルロ(MCMC)方法論を使用して、すべての可能な木のスペースを統合します。したがって、ブレートは、配列が関連する既存の系統発生木を想定していない。 McRateは、単一の木のみに頼るNA?の方法よりも優れていることがわかった。
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