バイディン システム生物学のための統合ツール。
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バイディン 説明

システム生物学のための統合ツール BYODYNソフトウェアは、生物学的ネットワークにおけるParatemerの風景の分析のためのシステム生物学のための統合的なツールです。システム生物学には、所与の生化学的ネットワークまたは関心のある経路で複雑さが増すモデルを構築するための日常的な作業になりつつあります。そのようなモデルを構築する際の主な問題の1つは、各モデル化プロセスの基礎となるパラメータの決定である。 BYDYNは、非常に珍しいモデルでパラメータを推定し分析するための簡単に拡張可能な計算枠組みを提供するように設計されています。所与の生物学的モデルから構築された遅延。 2）提供された実験情報に適合し、異なるパラメータに対するモデルの感度を評価するパラメータをグローバルに最適化します。 3）最適な実験設計パイプラインにおけるパラメータの感度を含む。プログラムは外部ソフトウェアを利用し、ユーザが所望の計算プロトコルで新しいソフトウェアを簡単に実装できるようにするPythonバインディングスキーマを提供します。プログラムはSBMLライブラリとのインタフェースからのインタフェースの利点があります。これにより、フィールド内の他の既存のツールとの通信が保証されます.Byodyn（GPLの下でリリースされます）は、いくつかのオープンソースライブラリ、ポートFortran、Scipy、およびlibsbmlの上に構築されたPythonベースのプログラムです。そしてそれはOpenModelicaとOctaveに簡単なバインダーを提供します。プログラムは、Linux FedoraおよびMac OS Xプラットフォームでテストされており、プラットフォームLSFグリッド環境およびSLURM + MOABスケジューリングシステムで並列化されています。 BYODYNコードと完全なマニュアルはhttp://cbbl.imim.es/byodynで入手できます。このリリースの新機能： ・InstallationGuideの要件と機能に関するテーブル（表1）には、いくつかの間違いがありました。 ・ドキュメントスクリプトの作成にバグを修正しましたが、参照は考慮されませんでした。 ・MatplotLib Figureは、明確にするためにフレームから凡例を示しています。 ・MatplotLib Figure Buidessの分解能は1200 dpiに設定されていました。デフォルト値は、代わりに使用される80 dpiです。 ・BYDYNで実装された「RANKTARGETS」という新機能。各ターゲットポイントに関連する識別可能性を評価します。 ・ディレクトリのサイズを小さくするためのPNG形式のドキュメントの数値は、PNG形式です。 ・最適な実験設計の数値のための新たな実施。 「AddNewpoint」の情報はスペクトルとしてプロットされています。 ・最適な実験的設計結果を対数スケールで示します。 ・マトリックスプロットにカラーボックスを追加したスケール。 ・MATPLOTLIB数値を保存した後にグラフを保持することのバグを修正しました。 ・ランクターゲットのカラースケールの追加最適な実験的設計グラフ。 ・SBMLを最適化結果に保存している場合のバグを修正しました。

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